เมื่อขุดคลองลัดสำเร็จ เมืองบางกอกหรือเมืองธนบุรีจึงถือกำเนิดขึ้น
ทางฝั่งตะวันตก หัวมุมคลองบางกอกใหญ่ กลายเป็นเมืองที่มีความสำคัญทางยุทธศาสตร์
และได้รับการยกฐานะขึ้น เป็นเมืองหน้าด่านทางทะเล ทำหน้าที่ป้องกันศัตรูที่จะเข้ามาทางใต้ของกรุงศรีอยุธยา
พร้อมทั้งตรวจตราจัดเก็บภาษีสินค้าที่ผ่านเข้าออก โดยปรากฏชื่อครั้งแรกในพระราชพงศาวดาร
ในสมัยสมเด็จพระมหาจักรพรรดิ์ (พ.ศ. 2091 - 2111) ว่า "เมืองธนบุรีศรีมหาสมุทร"
แต่โดยทั่วไปนิยมเรียกกันสั้นๆ เพียง "ธนบุรี"
ส่วนชื่อ "เมืองบางกอก" นั้นคงเป็นชื่อสามัญ
ที่ชาวบ้านและชาวต่างประเทศนิยมเรียก ดังปรากฏชื่อบางกอกในแผนที่และเอกสารของชาวต่างชาติ
เมืองธนบุรีมีความสำคัญเพิ่มขึ้นในฐานะเมืองหน้าด่านทางทะเล
โดยเฉพาะเมื่อการค้ากับต่างประเทศ เจริญรุ่งเรืองขึ้นถึงขีดสุด
ในรัชสมัยสมเด็จพระนารายณ์มหาราช (พ.ศ. 2199 - 2231) เนื่องจากเป็นเมืองท่าพักเรือต่างชาติ
ที่เดินทางขึ้นล่องระหว่างกรุงศรีอยุธยา สมเด็จพระนารายณ์ฯ จึงโปรดให้กองทหารฝรั่งเศส
ขึ้นมาสร้างป้อมขึ้นทั้งสองฝั่งของแม่น้ำเพื่อป้องกันข้าศึกซึ่งมาทางทะเล
โดยเจ้าพระยาวิชาเยนทร์ (คอนสแตนติน ฟอลคอน) เป็นผู้กำกับการสร้าง
เมื่อสร้างป้อมเสร็จจึงพระราชทานนามว่า "ป้อมวิไชยเยนทร์"
และโปรดเกล้าฯ ให้ทหารต่างชาติทั้งโปรตุเกส และฝรั่งเศสมาประจำที่ป้อม
ภายหลังที่สมเด็จพระนารายณ์ฯ สวรรคต ป้อมทั้งสองของเมืองธนบุรี
(ป้อมฝั่งตะวันออกและฝั่งตะวันตก) กลายเป็นสมรภูมิรบระหว่างฝ่ายไทย
กับกองทหารฝรั่งเศสที่ประจำป้อม ซึ่งในท้ายที่สุดฝรั่งเศสเป็นฝ่ายที่ต้องยอมแพ้
และถอนกำลังออกจากราชอาณาจักรไทย จากนั้นสมเด็จพระเพทราชาโปรดเกล้าฯ
ให้รื้อป้อมบางกอกทางฝั่งตะวันออก โดยให้คงเหลือแต่ป้อมทางฝั่งตะวันตก
(ป้อมวิไชยเยนทร์) ไว้เท่านั้น ในคราวกรุงศรีอยุธยาเสียให้แก่พม่าในปี
พ.ศ. 2310 พม่าได้ยึดเมืองบางกอกและแต่งตั้งให้นายทองอิน (คนไทยที่ไปเข้ากับฝ่ายพม่า)
รักษาป้อมและเมืองบางกอก และหลังจากที่สมเด็จพระเจ้าทรงกอบกู้เอกราชได้สำเร็จ
จึงโปรดฯ ให้บูรณะเมืองธนบุรีเพื่อใช้เป็นราชธานี