เดิมเพื่อให้เป็นที่ตั้งของโรงเรียนนายเรือ ซึ่งพระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัวได้พระราชทานให้ตั้งแต่วันที่ 23 กุมภาพันธ์ พ.ศ.2443 โดยทรงมีพระราชกระแสให้รักษาซ่อมแซมสิ่งที่ปลูกสร้างที่มีมาแต่เดิม ได้แก่ ท้องพระโรง, ศาลสมเด็จพระเจ้าตากสินมหาราช, พระตำหนักของสมเด็จพระปิ่นเกล้าเจ้าอยู่หัว และศาลศีรษะปลาวาฬ

โรงเรียนนายเรือตั้งอยู่ที่พระราชวังเดิมเรื่อยมาจนกระทั่งในปี พ.ศ. 2487 จึงได้ย้ายไปอยู่ที่สัตหีบชั่วคราวในช่วงเกิดสงครามโลกครั้งที่ 2 และในปี พ.ศ. 2489 ได้ย้ายไปอยู่ที่เกล็ดแก้วก่อนจะย้ายมาตั้งที่สมุทรปราการ ในปี พ.ศ. 2495 จนถึงปัจจุบัน ส่วนอาคารเดิมของโรงเรียนนายเรือที่พระราชวังเดิมนั้น

กองทัพเรือได้ดัดแปลงเป็นอาคารแบบทรงไทย แล้วใช้เป็นที่ตั้งของกองบัญชาการกองทัพเรือจนถึงปัจจุบัน สำหรับโบราณสถานที่ปรากฏให้เห็นในปัจจุบัน ได้แก่ ท้องพระโรง พระตำหนักเก๋งคู่ ศาลสมเด็จพระเจ้าตากสินมหาราช, พระตำหนักสมเด็จพระปิ่นเกล้าเจ้าอยู่หัว และป้อมวิไชยประสิทธิ์ ซึ่งได้รับการบูรณะ ครั้งล่าสุดตั้งแต่ปี พ.ศ.2538 และเสร็จสมบูรณ์ในปี พ.ศ.2545 โดยสมเด็จพระเทพรัตนราชสุดา สยามบรมราชกุมารี เสด็จเปิดอย่างเป็นทางการในวันที่ 26 กันยายน พ.ศ. 2545